Yo he llevado alguna en vuelos nacionales, nunca me han dicho nada, ni creo que te digan si puedes demostrar que eres el propietario legal. Supongo que eso es de aplicación en toda la Unión Europea.
En caso de vuelos internacionales se trataría de un trámite aduanero, deberías declarar el contenido en la aduana correspondiente, si su valor así lo exige. En caso de no hacerlo podrías estar cometiendo una infracción administrativa que no supone la incautación, sino una multa.
En ambos casos, habrá que tener en cuenta si le afectan cuestiones relativas a patrimonio histórico, eso normalmente suele estar relacionado con el país de origen, ya que puede haber limitaciones a la exportación de estos bienes. Por esa causa si te podrían incautar las piezas, claro. Tanto da una como cien.
Me parece que la respuesta está en el sentido común, si llevas algunas monedas comunes no te preocupes mucho, si llevas cobre como para electrificar Madrid, pues a lo mejor te conviene hablarlo con un especialista y si vas a trajinar estateras griegas de oro, piénsatelo.