Cuando yo limpio una moneda de 2€ con el Cillit Bang, tras aclararla con agua (bajo el grifo, nada de agua destilada) para quitarla los restos del desengrasante, la doy un último aclarado con un chorro de alcohol de limpieza (marca Aliada del Hipercor, etanol+propanol puro) para a su vez quitarle cualquier resto de agua. La envuelvo en papel higienico que me asegura que absorbe todas las humedades sin frotar nada, se seca, y con guantes la meto en la cápsula. Nunca me ha salido ninguna manchita una vez que se cerró la cápsula
Me temo que en algún paso de tu proceso de limpieza has metido o dejado las impurezas. A lo mejor estaban en el trapo con el que secaste las monedas, quien sabe.
Prueba con la goma de borrar, suave, muy suavemente.
Hay más monedas que comprar que dinero tendrás para gastar