Hola de curso legal.
No creo que nadie te pueda decir cómo almacenar tus monedas, pero si te podemos decir cómo las tenemos nosotros.
En mi caso, las monedas más comunes (lo que son las pesetas de Juan Carlos y las normales de Franco) las tengo en cartoncillos autoadhesivos Leuchtturm, y almacenadas en álbumes. Personalmente, no me gustan los sistemas fuera de cartoncillos, estos ofrecen una barrera de protección adicional, permiten poner datos de las monedas, y quedan muy simétricos y muy bonitos una vez que están en el álbum. No sé decirte si son dañinos para las monedas, pero si son de marca Leuchtturm me extrañaría mucho, ya que esta gente hace productos de calidad enfocados directamente a la numismática.
Para las monedas más potentes de mi colección utilizo cápuslas quadrum y bandejas.
Saludos!