Poco se sabe de la fecha de su nacimiento y sobre su infancia. Fernando Sánchez de Tovar comenzó su actividad al servicio de Pedro I de Castilla siendo nombrado Alcalde de la Mesta el 5 de enero de 1355. Durante la Guerra de los Dos Pedros participó en la expedición naval contra Aragón de 1359 como capitán de una galera.
En 1366 durante la Guerra Civil Castellana cambio de bando y comenzó a servir a Enrique de Trastámara en Calahorra, entregándole la ciudad. Pedro I pagó esta traición con la muerte de su hermano Juan Sánchez de Tovar.
En 1367 luchó en la batalla de Nájera y tras la derrota huyó junto a Enrique y Ambrosio Bocanegra a Aragón.
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