El Gran Capitán no se llevaba demasiado bien con Fernando. Todo lo contrario que con Isabel y precisamente de ahí, dicen que vinieron los malos rollos. Las malas lenguas aseguraron que hubo lío (y cama) entre Isabel y Gonzalo, así que cuando la Católica murió, Fernando se vengó. Pero antes, incluso, siempre trató de denigrarlo y hasta (dicen) se inventó lo de que había robado de las arcas reales en sus guerras de Italia. No le valieron a Gonzalo los muchos y magníficos hechos que favorecieron a la corona. Por otro lado, la soberbia de Gonzalo fue enorme, mandando construir su mausoleo (San Jerónimo) con más pompa y tamaño que la Capilla de los RRCC donde están enterrados, eso sí, a una buena distancia.